Виховна робота у Миколаївській спеціальній загальноосвітній школі здійснюється згідно з Програмою затвердженою Міністерством освіти і науки України, річним планом МСЗОШ, положенням про ГПД, і спрямована на реалізацію проблемної теми школи: «Формування ключових життєвих компетентностей у дітей з інтелектуальними порушеннями». Організація виховної роботи спрямована на виховання громадянина, патріота, формування в учнів необхідних життєвик компетентностей, надання ґрунтовних знань з навчальних предметів, формування духовної і морально зрілої особистості, яка спроможна протистояти асоціальним впливам, долати власні проблеми.
Загальною метою виховного процесу школи є створення умов для досягнення кожною дитиною максимально можливої корекції і компенсації дефектів, їх профілактика, шляхом включення у створенний навчально-виховний згідно НУШ, професійна орієнтація старшокласників.
Позакласна виховна робота спрямована на закріплення, поглиблення отриманих знань, застосування їх на практиці, виховання патріотизму, любові до своєї Батьківщини, поваги до педагогів, шани до влисних батьків, розширення кругозору учнів, формування їх світогляду. Не менш важливим є вироблення умінь і навичок самоосвіти, розвиток творчих здібностей, організація дозвілля, формування безпечної поведінки у довкіллі, культурному відпочинку.
